La carencia de un adecuado sistema de control para la fijación de tarifas de agua de uso agrario viene provocado que éstas no reflejen adecuadamente los costos sociales y privados de la asignación y gestión del agua, generando una serie de problemas en el sector agrícola peruano: recursos insuficientes para que las Juntas de Usuarios realicen actividades de operación y mantenimiento de los sistemas de irrigación; escasa inversión en mejoramiento y drenaje en valles costeños con serios problemas de salinización; uso ineficiente del agua por parte de los agricultores; inadecuación del sistema de tarifas a las normas generales y específicas sobre gestión de recursos naturales existentes en el país; rigidez legal y administrativa de las organizaciones de regantes para la utilización más eficiente de los recursos generados por las tarifas.